Полноэкзомное секвенирование панели генов наследственных опухолевых синдромов (Whole exome sequencing of a gene panel for hereditary cancer syndromes)

Синонимы: Исследование панели генов наследственных опухолевых синдромов по результатам полноэкзомного секвенирования; Полноэкзомное секвенирование панели генов наследственных опухолевых синдромов; Синдромы предрасположенности к полипам и раку желудочно-кишечного тракта; Синдромы предрасположенности к эндокринным неоплазиям; Синдромы предрасположенности к раку почки; Факоматозы и нейрокутанные синдромы; Синдромы предрасположенности к саркомам и опухолям мягких тканей; Синдромы предрасположенности к гематологическим злокачественным новообразованиям; Синдромы предрасположенности к раку молочной железы и яичников; Синдромы предрасположенности к раку кожи и меланоме; RAS-патии (синдромы нарушения развития с онкологическим риском); Прочие синдромы с уникальными опухолевыми спектрами.

Study of panel of genes for hereditary tumor syndromes based on results of whole exome sequencing; Whole exome sequencing of a gene panel for hereditary cancer syndromes.

Краткое описание исследования «Полноэкзомное секвенирование панели генов наследственных опухолевых синдромов»

Что такое полноэкзомное секвенирование?

Полноэкзомное секвенирование – это высокотехнологичный метод анализа ДНК, прочитывающий все белок-кодирующие участки генома (экзом), содержащие ~85% известных мутаций (патогенных вариантов). Полноэкзомное секвенирование выявляет:

• однонуклеотидные замены (SNV);
• малые инсерции/делеции (in/del) до 50 п.н.;
• некоторые вариации числа копий (CNV).

Когда исследование затруднено

Выявление некоторых типов вариантов методом экзомного секвенирования затруднено или невозможно. К таким вариантам относятся:

• структурные изменения хромосом (инверсии, транслокации, делеции, амплификации);
• полиплоидии;
• анеуплоидии;
• варианты, ассоциированные с протяженными участками триплетных и других повторов;
• варианты в генах с наличием в геноме близкого по последовательности псевдогена или паралога;
• варианты в GC-богатых участках;
• варианты в интронах за пределами канонических сайтов сплайсинга;
• эпигенетические варианты.

Метод имеет ограниченную чувствительность в отношении вариантов в состоянии мозаицизма.

Что такое наследственные опухолевые синдромы?

Наследственные опухолевые синдромы представляют собой группу заболеваний, характеризующихся повышенным риском развития злокачественных новообразований в течение жизни. Клинически наследственные опухолевые синдромы имеют ряд характерных черт:

• молодой возраст появления опухолей;
• более агрессивное течение;
• семейный анамнез болезни.

Большинство наследственных опухолевых синдромов повышают риски развития злокачественных образований в нескольких локализациях.

Важным понятием в контексте наследственного рака является пенетрантность – вероятность развития заболевания при носительстве патогенного варианта в гене, изменения в котором предрасполагают к его появлению. При выявлении носительства патогенного варианта в одном из исследованных генов у пациента без выявленного злокачественного образования риск появления рака в течение жизни не равен 100%. Вместе с тем, выявление патогенного варианта при отсутствии опухоли позволяет изменить подходы к скринингу злокачественных образований у пациента и в некоторых случаях провести профилактические медицинские манипуляции, снижающие риск развития заболевания.

Выявление патогенного или вероятно патогенного варианта при идентифицированном опухолевом образовании значительно влияет на терапевтическую тактику (предполагает использование определенных схем химиотерапии, назначение таргетной терапии) и хирургическое лечение пациента, а также является показанием к обследованию родственников первой линии больного.

Синдромы предрасположенности к полипам и раку желудочно-кишечного тракта включают:

• синдром Линча;
• наследственные полипозные синдромы (семейный аденоматозный полипоз, синдром Гарднера, синдром Тюрко и др.), синдром Коудена, синдром Пейтца-Егерса;
• некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к эндокринным неоплазиям включают:

• множественную эндокринную неоплазию (характеризуется опухолевым поражением двух и более эндокринных желез) нескольких типов,
• синдром наследственной параганглиомы и феохромоцитомы;
• синдром Карнея;
• некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к раку почки включают:

• туберозный склероз (болезнь Бурневилля);
• опухоль Вильмса (нефробластому);
• синдром фон Гиппеля-Линдау (VHL-синдром);
• некоторые другие синдромы.

Факоматозы и нейрокутанные синдромы включают

• нейрофиброматоз 1 типа (болезнь Реклингхаузена);
• шванноматоз;
• вестибулярный шванноматоз.

Синдромы предрасположенности к саркомам и опухолям мягких тканей включают:

• синдром множественных экзостозов;
• синдром Ли-Фраумени (наследственный TP53-ассоциированный опухолевый синдром);
• наследственную ретинобластому;
• некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к гематологическим злокачественным новообразованиям включают:

• анемию Фанкони;
• наследственный рак, ассоциированный с генами теломерного комплекса;
• атаксию-телеангиэктазию (синдром Луи-Бар);
• синдром Блума;
• синдром Ниймегена;
• синдром Вискотта-Олдрича;
• некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к раку молочной железы и яичников

«Поломки» в генах гомологической рекомбинации (в т. ч. BRCA1 и BRCA2) ассоциированы с синдромом наследственного рака молочной железы и рака яичников. Также возможно развитие другой онкопатологии

Синдромы предрасположенности к раку кожи и меланоме включают:

• пигментную ксеродерму;
• синдром Горлина-Гольца;
• синдром семейных атипичных невусов и меланомы;
• некоторые другие синдромы.

RAS-патии – это синдромы нарушения развития с онкологическим риском, которые включают:

• синдром Нунан;
• синдром Костелло;
• кардио-фацио-кожный синдром;
• некоторые другие синдромы.

Прочие синдромы с уникальными опухолевыми спектрами включают:

• наследственный панкреатит;
• HOXB13-наследственный рак предстательной железы;
• наследственную гастроинтестинальную стромальную опухоль (ГИСО, GIST);
• синдром Хаддад и др.

Полный список исследуемых синдромов, включенных в панель, представлен в таблице.

* Полный алфавитный список исследуемых генов данной панели предоставляется по запросу.

** Список генов в панели может быть незначительно изменен в случае публикации обновленных международных или российских рекомендаций, а также в соответствии с экспертным консенсусом.

Подробное описание заболеваний, включенных в панель, представлено на странице Полное описание исследования «Полноэкзомное секвенирование панели генов наследственных опухолевых синдромов». 

С какой целью выполняют исследование

Выполнение полноэкзомного секвенирования целесообразно:

• когда клиническая картина заболевания гетерогенна и предполагает дифференциальный диагноз в рамках широкого спектра генетически детерминированных заболеваний;
• когда заболевание является наследственным, но количество потенциальных генов-кандидатов велико;
• когда другими базовыми методами (кариотипирование, «точечное» генетическое обследование) не удалось установить причину заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы.

Литература

1. Белышева Т. С. и др. Пигментная ксеродерма: клинико-генетические особенности и терапевтические подходы //Вопросы современной педиатрии. – 2021. – Т. 20. – №. S6. – С. 611-617.
2. Клинические рекомендации. Гастроинтестинальные стромальные опухоли. МЗ РФ. – 2024.
3. Клинические рекомендации. Нейроэндокринные опухоли. МЗ РФ. – 2025.
4. Клинические рекомендации. Рак молочной железы. МЗ РФ. – 2021.
5. Клинические рекомендации. Рак ободочной кишки и ректосигмоидного перехода. МЗ РФ. – 2025.
6. Клинические рекомендации. Рак паренхимы почки. МЗ РФ. – 2025.
7. Клинические рекомендации. Ретинобластома. МЗ РФ. – 2025.
8. Степанов И. А. и др. Особенности наследственного TP53-ассоциированного опухолевого синдрома //Вопросы онкологии. – 2022. – Т. 68. – №. 2. – С. 140-148.
9. Юсупова Л. А. и др. Факоматозы: диагностика, клиника и особенности течения различных форм заболевания //Лечащий врач. – 2018. – №. 5. – С. 35.
10. Tamura R. Current understanding of neurofibromatosis type 1, 2, and schwannomatosis //International journal of molecular sciences. – 2021. – Т. 22. – №. 11. – С. 5850.
11. OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man).

Правила подготовки к исследованию

Специальной подготовки не требуется.

Показания для анализа «Полноэкзомное секвенирование панели генов наследственных опухолевых синдромов»:

• выявления наследственных опухолевых синдромов, выявление наследственной предрасположенности к злокачественным новообразованиям;
• обследование кровных родственников пациента с доказанной наследственной формой опухолевого синдрома.

Интерпретация результатов исследований содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Информацию из этого раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследования, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т.д.

Единицы измерения: нет.

Референсные значения: нет.

Формат представления результата

Качественный (указывается для каждого параметра, если их несколько).

Интерпретация результатов исследования «Полноэкзомное секвенирование панели генов наследственных опухолевых синдромов»

Информация по интерпретации предоставляется на отдельном бланке.